Em 1898, a Moita deixou de estar definitivamente sob administração do Barreiro e voltou a contar com Alhos Vedros, que tinha passado a freguesia
Durante o Século XIX, Portugal atravessou um período de profundas transformações políticas e administrativas, marcadas pela afirmação do liberalismo e pela tentativa de modernização do aparelho do Estado. Uma das medidas mais significativas desse período foi a reforma administrativa de 1855, promovida pelo governo liberal, que visava reduzir o número de concelhos, tornar a gestão territorial mais eficiente e eliminar estruturas consideradas obsoletas ou pouco viáveis do ponto de vista económico.
Foi neste contexto que a antiga vila e concelho de Alhos Vedros perdeu definitivamente a sua autonomia municipal e que o concelho da Moita foi também anexado ao do Barreiro. Alhos Vedros viu-se transformado em freguesia e, num primeiro momento, integrado no concelho do Barreiro, em 1855, tal como a Moita. Esta nova configuração procurava reflectir as dinâmicas populacionais e económicas da região, privilegiando núcleos urbanos com maior capacidade de crescimento e centralidade estratégica, como o Barreiro, cuja importância estava em ascensão devido à sua ligação ferroviária e ao desenvolvimento industrial.
Contudo, esta situação seria alterada poucos anos depois. Em 1861, o concelho da Moita foi restaurado e Alhos Vedros passou a integrar esta nova unidade administrativa. A mudança reflectia não apenas ajustes territoriais, mas também o reconhecimento da crescente importância da Moita como centro administrativo e económico local, nomeadamente pela sua posição privilegiada nas ligações fluviais com Lisboa e pela sua centralidade face às freguesias vizinhas.
A instabilidade administrativa, porém, não se extinguiu com esta integração. Na última década do século XIX, em 1895, o concelho da Moita foi novamente extinto no âmbito de uma segunda vaga de reorganização territorial promovida pelo governo central. Como consequência, a freguesia de Alhos Vedros voltou a ser anexada ao concelho do Barreiro, onde permaneceu durante cerca de três anos. Este período transitório viria a terminar em 1898, ano em que o concelho da Moita foi restaurado pela segunda vez, e de forma definitiva, sendo então Alhos Vedros reintegrado no seu território.
A nova configuração territorial incluiu várias freguesias: Moita, Alhos Vedros, Baixa da Banheira, Gaio-Rosário, Sarilhos Pequenos e Vale da Amoreira (esta última criada em 1988).
A segunda metade do século XX trouxe novas alterações administrativas, resultantes da expansão populacional e da suburbanização provocada pelo crescimento industrial na margem sul. Em particular, o crescimento explosivo da Baixa da Banheira e do Vale da Amoreira, com a chegada de populações migrantes vindas de outras regiões de Portugal e das ex-colónias, levou à criação de juntas de freguesia próprias e à multiplicação de serviços públicos descentralizados.
Já no século XXI, a Reforma Administrativa de 2013, promovida pelo governo no contexto da Troika, implicou algumas fusões administrativas em vários concelhos do país, mas a Moita manteve as suas freguesias originais, com pequenas alterações de competências e estrutura de gestão.
